Debian/GNU Linux でPubMedPDFを動かす

会社の必要により、PubMedPDFというツールを作業用PCにインストールしたので、そのポイントを書き留めておく。
というのも、今回Debian/GNU Linux にインストールしたのだが、これをWindowsにインストールする方法はあちこちに書いているが、Debian/GNU Linux にインストールする方法は見つけることができず、割と苦労してしまったのだ。
もしかしたら同じことでつまづく人がいるかもしれない。
折角苦労したので、そういう人を想定して書いておこう。
　
PubMedPDFは、主に論文のPDFを著者や雑誌名で整理することができるツールである。
http://www.web-learner.com/modules/ppdf_doc/index.php/about.html
このツールは、特にMEDLINEデータベースにある論文のPDFファイルをPubMed IDによって管理できるという特徴がある。
MEDLINEとは医学・薬学関連の論文抄録データベースで、このデータベースの論文はPubMed IDというIDで管理されている。
　
数ある類似ツールの中からPubMedPDFを選らんだのは、フリーソフトであるということと、PubMed ID によって管理が可能であるということが主な理由である。
有料のツールで有名なものでは、endNoteなどがある。
　
以下にインストールの概要と、僕がつまづいたところを書く。
なお、あくまで概要であり、インストールマニュアルとしては使えないことをご了承いただきたい。
　
1.Apache、MySQL、PHP4.3をインストールする。
僕のPCにはもともとApacheとMySQLが動いていたので、ここは問題なし。
PHP4.3は後で問題が発生したのだが、この時点では問題はなかった。
　
2.XOOPSをインストールする。
xoops公式ホームページ http://jp.xoops.org/ から、xoops-2.0.13a-JP.tar.gzをダウンロード。
html 以下にあるファイルをpublic_html/xoops以下にコピーして、ブラウザで指定すれば自動的にインストールが進んだ。楽チン。
　
3.PubMedPDFをインストールする。
PPDF_1_5.zipをダウンロードしたが、何故かDebianのunzipでは解凍できない。
仕方ないので、WindowsXPにあるLhacaで解凍し、持って来た。
解凍してできたファイルをpublic_html/xoops/modules/PubMedPDF以下にコピーすれば、xoopsのモジュール管理から簡単にインストールできる。
割とスムーズにインストールが進んだと思いきや、PubMed検索などをしようとするとPHPがエラーをはいた。
結論から言うと、domxmlモジュールとmbstringモジュールがうまくロードされていなかった。
以下の手順で解決。

php4-domxmlとphp4-mbstringをaptitudeから入手。
ただし、php4-mbstringは以下をsources.listに加えて入手。
deb http://people.debian.org/~dexter all sarge
　
php.iniのextension_dirをdomxml.so、mbstring.soがあるディレクトリに変更し、extension=domxml.soとextension=mbstring.soを追加。
上記のsources.listで取ってくると、extension_dirは/usr/lib/php4.4/200xxxxxxなどになるので注意！

あと、確かsearch.phpでsoopyがundefineとかいうwarningが出たが、これはsearch.phpをいじれば消すことができた。
　
そんなこんなで、やっと動いたのであった。
これで、明日から論文管理はばっちり！？