発現プロファイルと染色体異常の関連解析

こんなの、あるじゃん。
Adler AS et al., Genetic regulators of large-scale transcriptional signatures in cancer. Nat Genet. 38:421-30, 2006.
Genetic regulators of large-scale transcriptional signatures in cancer. - PubMed - NCBI

遺伝子発現プロファイルによる乳癌の予後予測の大御所、Vijver と Chang HY による研究。
Nature Genetics の論文、何で気づかなかったのか。
発現プロファイルとアレイCGHを組み合わせて、予後予測に関連する染色体異常を見付けようというもの。
あまりちゃんと読んでないが、発現プロファイル（DNAマイクロアレイ）を用いた予後予測モデルによって患者を予後良好予測群と不良予測群にわけ、それらの群間でアレイCGHを比較して有意に重複／欠損領域に差のある染色体領域を抽出。
さらにその領域の遺伝子の中から、発現が予後良好予測群と不良予測群で有意に差がある遺伝子をスクリーニングしている。
これにより、発現プロファイルによる予後予測を、染色体異常によって裏付けようというもの（だと思う）。
ここでは、wound response genes モデルによる予後予測が、MYC と CSN5 の重複と関連づけられることを示している。
極めて、自然な考えの研究だと思われる。
そりゃ、これやるよなあ。
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なるほど、これ使ってるのか。
Pollack JR et al., Microarray analysis reveals a major direct role of DNA copy number alteration in the transcriptional program of human breast tumors. Proc Natl Acad Sci U S A. 99:12963-8, 2002.
Microarray analysis reveals a major direct role of DNA copy number alteration in the transcriptional program of human breast tumors. - PubMed - NCBI
なるほどねぇ。
ふむふむ