研究
シドニーの国際会議のワークショップで発表します。 来週の火曜日です。 だいたい１０分程度の時間です。 泣きながら資料を作り、 泣きながら練習してます。 日本語でもプレゼンって大変なのに。 資料がわかりづらいです。 英語がめちゃくちゃです。 原稿棒…
JSBi2007は（有料のため）不参加だったが、（無料の）CBRC2007に行ってきた。 Leonardo Mariño-Ramírez 氏の、ヒストン遺伝子の発現制御の進化の話がなかなか面白かった。 どの生物種でも発現制御のタイミングは保存されている（S期で高発現）のに、 プロモ…
開きなおるしかない。 出発は来週の水曜日。 …いや、データがないわけではない。 いかに面白そうに見せるか。 がんばろう。
発表直前になってデータのチェックなんぞすると、話がひっくり返ったりしてエラいことになる。(T_T)
「こんなこと考えてる奴は世の中にいないだろう」と思うような研究でも、おんなじ時に同じことを考えてる人が世界のどこかにはいるもんである。 と、実感するような論文が、数ヵ月前に世に出ていることに気がついた。 ま、これにより、自身の研究の質を高め…
Nature最新号 http://www.nature.com/nature/journal/v447/n7146/abs/nature05874_ja.html 何ともはや、すごいパワーあふれるレポート。 Surprisingly, many functional elements are seemingly unconstrained across mammalian evolution. This suggests th…
Nature 最新号もういっちょ。 http://www.nature.com/nature/journal/v447/n7145/fp/nature05846_ja.html 噂のメダカゲノム解析の論文。 ヒト、フグ（Tetraodon）、ゼブラフィッシュ、およびメダカの4つのゲノムの比較解析から、硬骨魚の祖先でのゲノム規模…
Nature 最新号。 http://www.nature.com/nature/journal/v447/n7145/abs/nature05911_ja.html The Wellcome Trust Case Control Consortium (WTCCC)による報告。 14,000人の患者と3,000人のコントロールを Affymetrix GeneChip 500Kマッピングアレイセットで…
Hu Z et al., Towards zoomable multidimensional maps of the cell. Nat Biotechnol, 25:547-54, 2007. Towards zoomable multidimensional maps of the cell | Nature Biotechnology 主にVisANTの紹介。 VisANT: An integrative platform for network/path…
Nature 最新号 Quantifying social group evolution | Nature 以下、日本語abstract http://www.nature.com/nature/journal/v446/n7136/fp/nature05670_ja.html 社会における個体間の多様な相互関係によって、社会ネットワークにおける友人、家族、あるいは…
ちょっと、核内における染色体の位置について調べたくなったので、いろいろ調べた。 まずは、２月のNature Review Geneticsから。 Lanctot C et al., Dynamic genome architecture in the nuclear space: regulation of gene expression in three dimensions…
Cox比例ハザードモデルは、臨床試験の脱落者を考慮にいれた回帰分析モデル。 一般的な危険率を表す項と、各被験者の複数のパラメータの線形和を自然底数に乗じたものの積で表される。 危険率は時間に依存する関数。 尤度関数を最大にするような危険率とパラ…
BioConductor には chromLocation クラスのオブジェクトを使って染色体の図を出す機能があるが、いかんせんAffymetrix などのサポートされているチップのプローブと対応させて表示させることしかできない。 （というか、そういうチュートリアルしか発見でき…
こんなの、あるじゃん。 Adler AS et al., Genetic regulators of large-scale transcriptional signatures in cancer. Nat Genet. 38:421-30, 2006. Genetic regulators of large-scale transcriptional signatures in cancer. - PubMed - NCBI 遺伝子発現…
これって、すごい。 Struski S et al., Compilation of published comparative genomic hybridization studies. Cancer Genet Cytogenet. 135:63-90, 2002. Compilation of published comparative genomic hybridization studies. - PubMed - NCBI Mitelman…
いい論文があった。 Karlsson E et al., Chromosomal changes associated with clinical outcome in lymph node-negative breast cancer. Cancer Genet Cytogenet. 172:139-46, 2007. Chromosomal changes associated with clinical outcome in lymph node-n…
Mitelmanのデータベース、確かに有用なんだが、予後との関連はどこかにまとめられていないのだろうか。 特に乳癌。 http://cgap.nci.nih.gov/Chromosomes/Mitelman
＃あえて研究カテゴリーに。 自分は今、ハイである。 もちろんプライベートには子供のこともあるが、今日は仕事の進路に希望の光が差し込む出来事があった。 人生の中で進路が不安定な時期には、逆に言えば、数多くの選択肢が潜在的に眠っている。 何もしな…
これはほとんど自分の覚書。 HGM2006の1st prize ポスターの内容。 中立的進化をする場合、Ne（集団の有効な大きさ）に対して共通祖先は4Ne世代前にある。 しかし、自然淘汰が入った場合、生存に有利な突然変異遺伝子が急速に集団中に拡がって行くので、共通…
いろいろ知的好奇心をそそるFlashを作っているサイトを見つけた。 http://www.procreo.jp/labo.html それぞれ面白い動きをして見てて飽きないのだが、僕としてはその中にあった「Silhouette Illusion」に興味をそそられた。 http://www.procreo.jp/labo/labo…
mixiのネットワークを可視化するツールって、世の中にはいくつか出回っているらしい。 mixiGraph http://www.fmp.jp/~sugimoto/mixiGraph/ DigiMixi http://www.ringwing.ne.jp/~masao/mixi/ いずれも、自分のIDとパスワードを入力すれば、自分の友達の友達…
GIW2005に行った。 今年の特徴は、機能RNAと、マイクロアレイによるガンの発現パターン分類に関する発表が多かったことかな。 感じたことは、医学関係の人どころか、Wet関係の人すら会場にほとんどいないように思う。 Wetな人たちの興味も引ける発表が増えれ…
最近、仕事上の必要に迫られて、医学関係の教科書を探している。 今日は所用で東京医科歯科大学に出かけたついでに、神保町へ。 医学書の専門書で有名ないざわ書林と、理工系の専門書で有名な明倫館書店に行ってみた。 明倫館書店は、さすが超有名なだけあっ…
お台場の産総研にBioPAXのシンポジウムを聞きに行った。 BioPAX参画のところは、だいたいINPUTとOUTPUT、CONTROLLERとCONVERTERを考え、状態遷移をモデルに組み込むという方向になりつつあるようだった。 いわゆるデバイスオントロジーに近いところに落ち着…
煮詰まって進まん。
９月末の報告書のまとめに苦しんでいる。 いろいろやったことをいかに盛り込んで、まとまった話にするか。 OMIMやKEGGやいろんな実験がつじつま合わなくなりそう。 本当は、しっかりとストーリーを考えながら実験を行わなければならないんだけど、思いついた…
研究が忙しくなった。 いわゆるデータが爆発的に増え始める時期にさしかかったのかも。 少しずついろんなことをかじって、複数の研究を平行進行していると、互いの研究は相互作用するようで、往々にして一度にデータが出揃いはじめる。 こういう時はデータの…
会社のグループミーティングで研究発表。第三者も読むことを考慮して説明すると、僕はＩＴ企業でバイオインフォマティクスを生物学出身として研究するという特殊な立場にいるのだ。生物学出身のアドバンテージを活かすならコテコテの生物学調査をしようと思…
