BioPAX

お台場の産総研にBioPAXのシンポジウムを聞きに行った。
BioPAX参画のところは、だいたいINPUTとOUTPUT、CONTROLLERとCONVERTERを考え、状態遷移をモデルに組み込むという方向になりつつあるようだった。
いわゆるデバイスオントロジーに近いところに落ち着きつつあるのか。
ともかく、状態遷移を想定することはごく自然なことであろう。
pathwayを構築しようという試みは、基礎研究として重要なことであり、その成果の上に製薬や医学への応用がありうるのだと思う。
問題は、果たして現状のWet成果で、pathwayがどれほど描けるのか。
当然のことながら、全ての分子間相互作用を表現しようとするならば、細かい蛋白質後修飾やら全遺伝子のスプライシングバリアントなどを状態遷移としてあらわすのか、という問題やら、言い出したらキリがない世界である。
解明されている範囲で、いかに創薬ターゲット探索や医療に役立てるのに必要な情報を盛り込んだpathwayを再現できるかが勝負だと思う。
しかし、その「必要な情報」って何よ、ってところが、日々頭を悩ませてるところなんだなぁ。
解明されてないところが新薬に結びついたりするわけで。